なるほどやっと再現できました。
これはアレイメッシュで配置されたモデルをナノメッシュに変換をした際に、土台となるナノメッシュが縦長になっているからですね。
アレイメッシュで繰り返し配置しているモデルの比率が1:1:1の立方体ではなく、犬が縦長のため、それをxyzそれぞれがぴったり2unitの立方体に収まるようにユニファイして、本来のサイズになるようにナノメッシュの土台を縦長にしている。という形ですね。こちらに関しては現行の仕様です。
回避するにはモデルの比率が1:1:1の立方体をアレイメッシュで配置→メッシュ編集→犬や羽などのメッシュに入れ替えるという工程が必要になると思います。