@dogramagra
手持ちの自分のプロジェクトで2021.6.3以前に作成されたプロジェクトを読み込み、保存後、再度読み込みましたが問題なく読み込めているので、アップデートが正常に行われていないか、他の要因を疑ったほうが良いと思われます。
アップデートの有無に関わらずハードウェア的な不具合等、様々な要因によってデータは破損します。
保存しているファイル名に日本語等は利用していますか?
例えば、ファイル名/おさめているフォルダー名に日本語が使用されていると不具合の元になる可能性もあります。
上記以外には、一度アンインストールし再度インストール後、正常に保存/開くことができるかを確認し、それでも不具合に遭遇する場合には、サポートへチケットをお送りください。