@ジョンちゃん
ダイナメッシュを使って減算をかける際にカドの厚みが薄くなるので発生する問題ですね。

こちらについてはLiveBooleanを使うか、ポリグループの境目を使って境目部分にのみマスクをかけて、スムースをかけるなどの方法で回避する方法以外は正直ダイナメッシュの性質上仕様となります。

3Dプリンターで出力する際には、これらはサンドペーパーで整える方が早いと思います。